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インフルエンザ予防接種の費用の勘定科目は？福利厚生費など対象者別に整理

国税庁等の資料を確認した日 2026年10月29日｜更新 2026年10月30日

結論

インフルエンザ予防接種の費用は、多くの場合「福利厚生費」に入れます。ただし、使い方や金額によって科目が変わります。下の分岐で、自分の場合に近いものを選んでください。

状況	科目	消費税区分	理由と条件
従業員全員が対象の制度で、会社が医療機関へ直接支払ったとき※	福利厚生費	課税国税庁 No.6157	対象が従業員全体で、会社が医療機関へ直接払う場合の処理例です。個人の利益として給与に当たるかどうかは、対象の範囲や費用の内容を見て判断が分かれます。
接種費用に当たる金銭を、会社が従業員に手当として渡したとき	給料手当	不課税国税庁 No.6157	役員や使用人に支給する手当は、原則として給与所得になるとされています。源泉所得税の扱いも合わせて確認してください。国税庁
対象を特定の人だけにするなど、個人の利益として会社が接種費用を負担したとき	給料手当	課税国税庁 No.6157	サービスを無償で受けさせる利益は現物給与にあたり、原則として給与所得の収入金額とされます。ただし、特定の現物給与には特別の取扱いが定められています。国税庁
取引先など社外の事業関係者の接種費用を会社が負担したとき	交際費	課税国税庁 No.6157	得意先や仕入先などへの接待、供応、慰安、贈答などのための支出であれば交際費等になります。従業員向けの支出とは分けて処理してください。国税庁

消費税区分は、国内の事業者への通常の支払いを前提にした国税庁の一般則による判定です。区分が決まらないものは「個別に確認」とし、何で決まるかを添えています。

※は、国税庁の資料では確認できていない一般的な扱いです。自社の事情に当てはめる前に、税理士または税務署で確認してください。

借方	貸方	消費税区分
福利厚生費	普通預金	課税国税庁 No.6157

従業員全員を対象とする制度で、会社が医療機関へ直接支払い、給与としては扱わない場合の例です。

役員や使用人に支給する手当は、原則として給与所得とされています。例外は通勤手当など限られた手当です。国税庁

無償または低い対価でサービスを提供した利益は、現物給与として原則給与所得の収入金額とされます。予防接種がどの取扱いに当たるかは、個別に税務署や税理士へ確認してください。国税庁

非課税になる医療は、健康保険法などによる社会保険医療の給付等です。予防接種は保険診療に当たらないため、医療機関へ払う費用は通常は課税です。国税庁

※は、国税庁の資料では確認できていない一般的な扱いです。自社の事情に当てはめる前に、税理士または税務署で確認してください。

判断が分かれるときは税理士に確認する

インフルエンザ予防接種の費用は、金額・使い方・相手によって科目や税務上の扱いが変わります。自社の場合にどうなるかを確かめたい方は、税理士に相談できます。

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掲載内容は耐用年数省令・国税庁の通達とタックスアンサーにもとづく一般的な整理です。個別の資産がどの区分に当たるかは、構造・用途・使い方の事実で決まります。申告の前に、最新の法令と国税庁の資料を確認し、判断に迷うときは税理士または所轄の税務署にご相談ください。